Konsep pendidikan Sekolah Alam Indonesia berdasarkan pada Al-Qur’an dan hadist yang menerangkan bahwa tujuan manusia diciptakan, salah satunya adalah menjadi khalifah di muka bumi.

Oleh karena itu sekolah alam Indonesia memprioritaskan pada tiga pokok materi dalam konsep pendidikannya, yaitu:

• Akhlakul Karimah (sikap hidup) dengan Metode Utama : Keteladanan
• Latihan Kepemimpinan (Leadership) dengan metode Utama : Dynamic group dan Outbound Training
• Falsafah Ilmu Pengetahuan (logika berfikir) dengan metode Utama : Active Learning dan diskusi

Kegiatan outdoor/indoor merupakan kombinasi antara kegiatan di dalam kelas, di halaman sekolah atau bahkan kegiatan perjalanan yang dilakukan .dalam mengimbangi tema pembelajarannya. Keseluruhannya mencoba untuk memunculkan karakter-karakter positif siswa sejak usia dini sampai dengan usia lanjutannya.